De acordo com a Deliberação CETEEPS n. 4 de 4 de 3 de julho de 2008, compõem a estrutura administrativa da CPRJI a Presidência e a Vice-Presidência e a Secretaria.
São atribuições do Presidente:
I – convocar e presidir as sessões;
II – propor medidas visando atender às finalidades da Comissão que preside;
III – encaminhar aos órgãos competentes as propostas e pareceres da Comissão;
IV – expedir instruções, aprovadas pela Comissão, referentes ao RJI;
V – decidir os casos omissos, nos limites de sua competência.
Parágrafo único – Caberá ao Vice-Presidente substituir o Presidente em suas ausências ou impedimentos legais.
São atribuições da Secretaria:
I – secretariar as sessões da Comissão e lavrar suas atas;
II – receber e distribuir com a anuência da Presidência, os processos encaminhados à Comissão;
III – preparar e encaminhar os expedientes e processos com as decisões da Comissão;
IV – preparar a pauta das sessões da Comissão;
V – dar despachos interlocutórios em processos, tendo em vista diligências em casos de autuações indevidas ou incompletas;